一、感染风险
巧克力囊肿穿刺过程中存在引入细菌的可能，从而引发盆腔感染。若发生感染，患者可出现发热、下腹部疼痛加剧、阴道分泌物异常等症状，严重时可能导致盆腔炎性疾病后遗症，影响生殖系统功能，如造成输卵管粘连、阻塞等，进而影响受孕几率。感染风险与穿刺操作的无菌规范程度、患者自身机体免疫力等因素相关，若操作时无菌操作不严格或患者免疫力低下，则感染风险升高。
二、复发风险
巧克力囊肿穿刺难以彻底清除囊肿内的内容物，囊肿容易复发。因为穿刺仅能抽出部分囊液，而囊肿的上皮细胞仍可能继续分泌囊液使囊肿再次形成。复发后患者可能再次出现下腹部隐痛、月经异常等症状，需要再次治疗，增加了患者的痛苦和医疗负担。复发情况与囊肿的大小、穿刺时囊液抽吸的彻底程度等有关，较大的囊肿或穿刺时囊液抽吸不充分时，复发概率相对更高。
三、周围组织损伤风险
穿刺过程中有可能损伤邻近的组织器官，如肠管、膀胱等。若损伤肠管，可能引起腹痛、恶心、呕吐等消化道症状，严重时可能导致肠瘘等严重并发症；若损伤膀胱，可出现血尿、排尿疼痛等表现。这种损伤风险与操作者的穿刺技术熟练程度、囊肿的位置等密切相关，经验不足的操作者或囊肿位置毗邻重要组织器官时，发生周围组织损伤的可能性增大。
四、对生育功能的影响（针对有生育需求人群）
对于有生育需求的患者，巧克力囊肿穿刺可能影响卵巢功能，导致排卵异常。卵巢是排卵的重要器官，囊肿穿刺可能干扰卵巢的正常结构和功能，使卵泡发育、排卵过程受到影响，进而降低受孕概率。尤其是多次穿刺的患者，卵巢功能受损的风险更高，可能导致不孕或增加流产等妊娠相关风险。
五、特殊人群风险考量
合并基础疾病人群：如合并心肺功能不全的患者，穿刺操作可能因疼痛刺激等因素诱发心肺功能不良事件，如诱发心绞痛、加重呼吸困难等。对于这类患者，需要在穿刺前充分评估心肺功能状态，并采取相应的保护措施，以降低穿刺相关风险。
老年患者：老年患者机体各器官功能衰退，对穿刺操作的耐受性较差，发生感染、出血等并发症的风险相对较高。在穿刺前需全面评估患者的整体健康状况，谨慎权衡穿刺的获益与风险。
儿童患者：巧克力囊肿在儿童中相对少见，且儿童处于生长发育阶段，穿刺操作可能对生殖系统等造成不可逆的影响，因此一般优先考虑非手术的保守治疗方式，仅在严格评估后且无其他更好治疗选择时才谨慎考虑穿刺，同时需密切监测对生长发育的潜在影响。