一、肌肉劳损
长期从事重体力劳动、频繁进行肩部运动（如打羽毛球、游泳等）或长时间保持同一姿势（如伏案工作），会使肩部肌肉处于紧张疲劳状态，白天的活动已消耗肌肉能量，睡眠时肌肉放松但未完全恢复，晨起可能出现肩膀疼，这种情况与日常肩部活动量及劳动强度密切相关，年轻人因长期不良生活方式也易出现。
二、肩周炎
多见于40-60岁人群，是肩关节周围软组织的无菌性炎症。夜间人体新陈代谢减缓，炎症部位的炎性介质堆积，刺激周围神经，且睡眠中肩部活动减少，炎症物质更易聚集，从而导致晨起肩膀疼痛，女性相对男性发病率可能略高，与激素水平等因素有一定关联。
三、颈椎病
颈椎的病变如椎间盘突出、骨质增生等压迫神经根时，睡觉时颈椎姿势若不合适，可能加重对神经根的压迫，引发肩部放射性疼痛，长期伏案工作、低头看电子设备的人群患颈椎病风险高，年龄增长也会使颈椎退变概率增加，进而影响肩部。
四、睡姿不当
长期采用不正确的睡姿，如肩膀长时间被身体压迫、枕头高度不合适导致肩部肌肉牵拉等，会影响肩部血液循环，睡眠中局部血液循环不畅，晨起就会出现肩膀疼，不同睡姿习惯的人群发生概率不同，青少年因睡眠姿势多变也可能受此影响。
五、肩部受凉
夜间睡眠时肩部暴露在外或盖被单薄，肩部肌肉血管收缩，血液循环受阻，肌肉缺氧、代谢产物堆积，刺激神经引起疼痛，体质较弱者、老年人对寒冷更敏感，更易因肩部受凉出现晨起肩膀疼。