一般治疗
体位调整：对于新生儿胃食管反流，体位调整是重要的非药物治疗方法。将新生儿床头抬高30°左右，婴儿取右侧卧位，这样有助于减少反流发生。因为右侧卧位时胃的位置相对较低，利于胃内容物向下蠕动，减少反流至食管的机会。对于早产儿等特殊人群，更要严格遵循正确体位，密切观察反流情况。
喂养调整：母乳喂养的新生儿，母亲要注意自己的饮食，避免食用辛辣、油腻等可能加重婴儿反流的食物。人工喂养时，可增加喂养次数，减少每次喂养量，选择黏稠度较高的配方奶，如含有麦芽糊精的配方奶，能在一定程度上减少反流。对于有吸吮-吞咽不协调的新生儿，喂养时要更加小心，控制喂养速度，避免过快过多喂养导致反流。
药物治疗
促胃肠动力药：多潘立酮在儿童中的使用需谨慎，尤其是低龄新生儿，其血脑屏障发育不完善，使用多潘立酮可能增加神经系统不良反应风险，所以一般不优先考虑用于新生儿胃食管反流的常规治疗。
抗酸剂：铝碳酸镁等抗酸剂可中和胃酸，短暂缓解症状，但新生儿使用需严格评估，因为新生儿的胃酸分泌和代谢功能与成人不同，要避免过量使用导致酸碱平衡紊乱等问题。
手术治疗
适应证：仅适用于少数严重胃食管反流且经严格内科治疗无效的新生儿，如出现严重营养不良、反复吸入性肺炎等情况。手术方式如Nissen胃底折叠术等，手术风险对于新生儿来说较高，因为新生儿器官功能尚未完全成熟，手术创伤可能对其生长发育产生一定影响，需要充分评估手术获益与风险。在考虑手术时，要综合考虑新生儿的孕周、体重等特殊情况，与家属充分沟通手术相关风险。