卵巢巧克力囊肿可以通过手术治疗或者药物治疗。
卵巢巧克力囊肿，在临床上比较多见，如果任其发展，可以长得很大，又叫卵巢子宫内膜异位囊肿。目前的经血逆流学说被大家认可，是因为来月经的时候，子宫内膜碎片随经血逆流，通过输卵管进入盆腔种植于卵巢。
每次来月经都可以发生出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，似巧克力样的液体，所以称为巧克力囊肿。可以采取药物或者手术治疗，但容易复发。有生育要求的轻度患者，明确诊断后先行药物治疗观察。
对于症状比较轻微，或者没有明显症状的巧囊患者，可以在出现痛经的时候，服用非甾体类的抗炎药，如布洛芬缓释胶囊、芬那酸，以及萘普生，同时还要促进和指导其尽快怀孕。
病情重者行保留生育功能手术，对于疼痛比较明显的女性，又无生育要求的患者，就可以考虑服用雌孕激素联合制剂，或者是孕激素制剂来抑制排卵进行治疗，或者可以做巧克力囊肿根治术，一般不会复发。
而对于囊肿大于4厘米以上，又有生育要求的患者，通常就需要行腹腔镜手术治疗。建议及时前往医院就诊，在医生指导下进一步治疗，治疗方案因人而异，避免贻误治疗。
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