母亲怀孕时有一些不良因素的暴露，胎儿可能发生生理、生化的一些改变，可能影响胎儿神经发育，进而发生自闭症。自闭症是如何造成的，自闭证又称孤独症，病因目前不太明确。认为与遗传、围产期的各种并发症、感染、及免疫系统异常、神经内分泌和神经递质功能失调有关系。
1、遗传上来讲的话，遗传因素跟儿童孤独症是非常密切相关的。目前发现常染色体上至少有10个以上的相关基因，跟儿童孤独症的发病紧密相关。
2、围产期的因素，比如产伤，宫内窒息等围产期并发症，与儿童孤独症的发生可能有一定关系。
3、感染和免疫系统异常。研究表明病毒感染，母亲怀孕期间的病毒感染可能与孤独症发生是有关系的。
4、神经内分泌和神经递质方面的异常。有研究表明儿童孤独症的发生跟HPA轴等神经内分泌因素及5-HT等单胺类神经递质功能失调有关系。
目前研究还不能够完全找出为什么会得自闭症。这是一个多因素的先天性的一个发育性的神经性发性的疾病。