细菌是原核生物，没有成形的细胞核；真菌是真核生物，有成形的细胞核。
细菌细胞结构相对简单，一般有细胞壁、细胞膜、细胞质等，部分细菌有特殊结构如鞭毛等；真菌细胞有细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，还有线粒体等细胞器。
细菌主要通过二分裂的方式进行无性繁殖；真菌繁殖方式多样，有无性繁殖如孢子萌发等，也有有性繁殖。
细菌适应环境的能力很强，在土壤、水、空气以及生物体内外都有广泛分布；真菌多生长在潮湿、有机物丰富的环境中，如腐木、土壤等。
有些细菌是有益的，如肠道中的双歧杆菌能帮助消化；但也有致病细菌，如链球菌可引起肺炎等疾病。真菌有的可食用，如蘑菇；有的会致病，如白色念珠菌可引起人体真菌感染。特殊人群如免疫力低下者更容易受到细菌或真菌的感染，需特别注意环境卫生等以降低感染风险。
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