吃辣椒拉肚子主要是因为辣椒中的辣椒素等成分刺激胃肠道所致。辣椒素会作用于胃肠道，加快胃肠蠕动。
一、个体胃肠敏感差异
有些人胃肠功能相对敏感，辣椒素进入胃肠道后，容易过度刺激胃肠黏膜，使得胃肠蠕动紊乱，从而引发拉肚子。比如本身患有肠易激综合征的人群，对辣椒等刺激性食物更为敏感，食用后更易出现拉肚子情况。
二、辣椒摄入过量因素
一次性摄入过多辣椒，会让胃肠道在短时间内受到较强的刺激。大量辣椒素冲击胃肠，超出了胃肠的正常承受范围，就容易导致拉肚子。像聚餐时大量食用辛辣菜肴的人，就较易出现这种状况。
三、胃肠疾病影响
本身患有胃炎、胃溃疡、肠炎等胃肠疾病的人，胃肠黏膜处于相对脆弱的状态。吃辣椒后，辣椒素会进一步损伤胃肠黏膜，加重胃肠炎症反应，进而引发拉肚子。例如患有慢性胃炎的人，吃辣椒后肠胃不适更容易表现为拉肚子。
四、消化系统适应问题
对于平时很少吃辣椒的人，突然食用辣椒，消化系统需要时间去适应辣椒素的刺激。在适应过程中，胃肠功能可能会出现紊乱，导致拉肚子。比如平时饮食清淡，偶尔吃一次较辣的食物，就可能出现这种情况。
为避免吃辣椒拉肚子，胃肠敏感者、有胃肠疾病者以及平时少吃辣的人，应根据自身情况适量食用辣椒。如果吃辣椒后频繁拉肚子且症状严重，建议及时就医检查。