急性扁桃体发炎时，头孢类抗生素和阿莫西林都可用于治疗，具体选择需根据病情等因素判断。一般来说，若对青霉素类不过敏，阿莫西林可能是常用选择；若考虑耐药等情况，可能会选用头孢类，但需在医生指导下决定。
不同个体的致病菌对头孢类或阿莫西林的敏感程度有差异。有些患者感染的病菌对阿莫西林敏感，使用阿莫西林效果较好；而部分病菌可能对头孢类抗生素更敏感，此时头孢类可能更适用。
对于有青霉素过敏史的患者，就不能选择阿莫西林，需选用头孢类抗生素，但要确认无头孢过敏史；对于儿童患者，需充分考虑其年龄等因素对药物选择的影响，严格遵循儿科用药原则。
如果是轻度的急性扁桃体发炎，可能选用阿莫西林就可控制病情；但若是病情较重，可能需要根据病菌情况等选择头孢类等更有效的抗生素，但都需医生综合评估后决定用药。
两种药物都可能有副作用，相对而言，个体对头孢类或阿莫西林的耐受性不同，医生会根据患者具体情况，如是否有胃肠道等方面的基础疾病等，来选择副作用相对更适合患者的药物。
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