一、抗菌谱差异
阿莫西林属于青霉素类抗生素，对革兰氏阳性菌中的链球菌、肺炎球菌等有较好抗菌活性，对部分革兰氏阴性菌如流感嗜血杆菌等也有作用；头孢类抗生素是一大类β-内酰胺类抗生素，根据抗菌谱等分为不同代际。一般来说，第三代、第四代头孢菌素对革兰氏阴性菌的抗菌活性通常强于阿莫西林，例如对大肠杆菌、克雷伯菌属等革兰氏阴性菌的作用，部分头孢菌素比阿莫西林更优；而对于一些革兰氏阳性菌感染，阿莫西林有时也能有效应对，但头孢类不同代际对革兰氏阳性菌的覆盖情况也有差异，第一代头孢菌素对革兰氏阳性菌的作用相对较强。
二、药代动力学区别
吸收方面：阿莫西林口服吸收良好，生物利用度较高；头孢类药物口服吸收情况因具体药物而异，有的头孢口服吸收相对阿莫西林可能稍差一些，不过注射制剂的头孢类药物在体内的分布等药代动力学特征各有不同，比如部分头孢菌素能较好地分布到一些感染部位，如脑脊液等情况在不同头孢中有差异表现。
代谢排泄：阿莫西林主要通过肾脏以原形排泄；头孢类药物多数经肾脏排泄，但不同头孢的代谢途径和排泄比例等有差别，一些头孢可能有部分通过胆汁排泄等情况。
三、临床应用场景
革兰氏阳性菌感染：如果是轻度的链球菌引起的上呼吸道感染等，阿莫西林可能是常用选择，因为其对这类革兰氏阳性菌有较好作用且相对较为安全；但如果是一些较为严重的葡萄球菌等革兰氏阳性菌感染，可能会根据具体情况选择合适代际的头孢菌素，比如耐酶的头孢可能对产酶葡萄球菌有一定作用。
革兰氏阴性菌感染：当面临较为复杂的革兰氏阴性菌感染，像肠道杆菌科细菌引起的感染等，第三代、第四代头孢菌素往往更常被选用，因为其抗菌谱覆盖更广、抗菌活性更强；而如果是一些简单的革兰氏阴性菌轻度感染，阿莫西林也可能适用，但需要权衡。
四、不良反应比较
过敏反应：两者都可能引起过敏反应，阿莫西林常见皮疹等过敏表现，头孢类药物过敏反应也不少见，且有交叉过敏的可能，即对青霉素过敏者使用头孢类药物需谨慎，但不是所有对青霉素过敏者都不能用头孢，需要根据具体情况评估。
对肠道菌群影响：长期或大量使用都可能引起肠道菌群失调等情况，但相对而言，不同药物具体对肠道菌群的影响程度可能因个体差异和用药情况有所不同。
五、特殊人群情况
儿童：儿童使用时，阿莫西林相对来说在一些常见儿童感染中应用较广，不过要注意剂量等；头孢类药物儿童也可使用，但不同头孢有不同的儿童用药规定，比如一些头孢可能有年龄限制等，需要根据儿童的年龄、感染情况等合理选择，同时关注儿童用药后的反应，如胃肠道反应等情况。
老年人：老年人肝肾功能可能有所减退，使用时需要根据肝肾功能调整剂量等，阿莫西林和头孢类药物都需要考虑老年人的肝肾功能状态来选择合适的药物及剂量，避免药物在体内蓄积导致不良反应增加。
孕妇哺乳期女性：阿莫西林在孕妇哺乳期相对较为安全，属于B类药物；头孢类药物多数也是相对安全的，但具体不同头孢在孕妇哺乳期的使用也需要根据药物的分类等情况谨慎选择，遵循用药的安全性原则。
总体而言，不能简单说阿莫西林和头孢哪个效果好，而是要根据感染的病原菌种类、感染部位、患者的具体情况（如年龄、肝肾功能、是否过敏等）来综合选择合适的药物，两者各有其适用的临床场景，在不同的感染情境下发挥各自的优势。