肺孢子菌肺炎起病较隐匿，常持续数周到数月。病人主要表现为发热、干咳、进行性呼吸困难、乏力、盗汗、消瘦，部分病人可有发绀、胸痛，偶有咳痰，但很少咯血，部分成人病人肺部有弥漫性干啰音，自觉症状较重而体征较少是本病的重要特征，也是临床上发现本病的重要线索。
儿童病人可有鼻翼扇动，吸气时肋间隙凹陷。少数病人有肺外表现或者全身弥漫性感染，但这些临床表现发生的概率很低。实验室检查主要表现为低氧血症，多数病人动脉血氧分压降低，往往在 60mmHg 以下，肺总量和肺活量均减少。
肺孢子虫肺炎症状
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健康
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