一、口腔局部因素导致晨起嘴巴臭
夜间睡眠时，口腔唾液分泌量通常减少，口腔自洁作用减弱，细菌容易繁殖。例如，存在牙菌斑、牙结石时，细菌分解食物残渣会产生异味；龋齿（蛀牙）内残留的食物碎屑被细菌发酵，也会引发臭味；此外，牙龈炎、牙周炎等口腔炎症，炎症部位的细菌代谢活动会产生有异味的物质，从而导致晨起嘴巴臭。不同年龄人群中，儿童若口腔清洁不彻底，更易因牙菌斑堆积出现此情况；青少年可能因喜食甜食且口腔卫生维护不佳增加风险。
二、胃肠道问题引发晨起嘴巴臭
胃肠道功能紊乱时，如消化不良，食物在胃肠道内停留时间过长，发酵产生的气体可能通过食管反流至口腔；幽门螺杆菌感染是常见的胃肠道问题，该菌感染可引起胃部炎症，导致消化不良、胃酸反流等，进而使口腔出现异味。成年人中，长期饮食不规律、偏好高脂高油食物的人群，胃肠道负担加重，更易出现因胃肠道问题导致的晨起嘴巴臭；有胃肠道基础疾病的患者，如胃溃疡、十二指肠溃疡等，病情影响消化功能时也易出现相关症状。
三、呼吸系统疾病导致晨起嘴巴臭
鼻窦炎患者鼻腔内分泌物增多，部分分泌物可能倒流至咽部，经口腔呼出时带有异味；扁桃体炎患者扁桃体隐窝内易积存脱落上皮、细菌等，感染时隐窝内的物质分解会产生臭味，这些异味可在晨起时通过口腔表现出来。不同年龄段人群中，老年人因呼吸道黏膜防御功能下降，更易患呼吸系统疾病从而引发嘴巴臭；儿童若反复患扁桃体炎等，也可能出现此类情况。
四、饮食及生活方式因素造成晨起嘴巴臭
近期食用大量洋葱、大蒜等具有特殊气味的食物后入睡，食物残留的气味可能在晨起时仍存于口腔；长期吸烟、饮酒的人群，烟草中的尼古丁及酒精成分会影响口腔环境，增加细菌滋生概率，导致晨起嘴巴臭。青少年中部分人可能因嗜好重口味食物且未做好口腔清洁，成年人中吸烟者、饮酒者因生活方式影响更易出现该问题。