有约10%的CIN1在2~4年发展成CIN2、CIN3，约1%CIN1可进展为子宫颈癌。
大多数的HPV感染是一过性的，对于免疫功能正常的女性，90%的HPV感染可以在2年后自然转阴，这可以说是HPV感染最常见的结局。即便是在一些CIN的患者中，如果随诊足够长的时间，HPV感染也有较高的自然转归率。所以，HPV感染不能简单的等同于肿瘤进展。低危型HPV感染的自然消退率较高，平均感染时间7～8个月，但是高危型HPV的平均感染时间则可长达10~13个月。
可以说，绝大多数HPV感染为无症状的一过性感染，组织学上可表现为子宫颈低级别鳞状上皮内病变（LSIL），即轻度子宫颈上皮内瘤变（CIN1），超过80%的感染可在6~24个月内被机体清除。如果持续感染，则进展为高级别鳞状上皮内病变（HSIL），即部分中度CIN（CIN2）和重度CIN（CIN3）。有>60%的CIN1会自然好转，只有约10%的CIN1在2~4年发展成CIN2、CIN3，约1%CIN1可进展为子宫颈癌。可能有部分CIN2和CIN3不经过CIN1阶段，低于50%的CIN3可进展为浸润癌。从HPV感染发展到子宫颈癌的时间各有不同，通常HPV持续感染经过10~20年的自然演化发展为癌。