常用抗真菌药按照作用部位分为治疗表浅和深部真菌的抗真菌药。其中，治疗浅表真菌感染药物有十一烯酸、醋酸、乳酸、水杨酸、灰黄霉素、克念菌素、克霉唑、咪康唑、益康唑、联苯苄唑、酮康唑等药物。抗深部真菌感染药物有氟胞嘧啶、两性霉素B、制霉菌素、球红霉素、甲帕霉素、氟康唑、伊曲康唑等。按结构分为有机酸类、多烯类、氮唑类、烯丙胺类（如特比萘芬）等。
真菌感染可以分为表浅真菌感染和深部真菌感染两类，表浅感染是由癣菌侵犯皮肤、毛发、指（趾）甲等体表部位造成的，这种感染发病率较高，但是危害性比较小。深部真菌感染是由念珠菌和隐球菌侵犯内脏器官及深部组织造成的，此种感染发病率较低，但是危害性较大。在所有的抗深部真菌感染药物中，一般只有氟康唑和氟胞嘧啶能够透过血脑屏障，治疗中枢真菌感染。
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