杀幽门螺杆菌并无最好的中药，中医讲究整体观念和辨证论治，只要能够正确进行辨证，选择合适的中药，是可以治疗幽门螺旋杆菌的。临床中现在常用的就有蒲公英、砂仁、菊花、茯苓等，对幽门螺旋杆菌都是有一定功效的。
人体感染幽门螺旋杆菌引起的消化性溃疡、慢性胃炎等胃肠道疾病在治疗时大致的分型有：胃肠湿热型、胃阴虚型、肝胃不和型、脾胃虚弱型。常用方剂有，泻心汤、柴胡疏肝散、连朴饮、补中益气汤、疏肝理胃汤等。
现代实验研究表明，中医复方汤剂在治疗幽门螺旋杆菌引起的胃肠道感染时，疗效与西医三联抗菌法差异不大。中医对幽门螺旋杆菌的治疗关键在于使其致病力不断下降，减轻和削弱其毒力。
中药复方抗幽门螺旋杆菌主要有三大特点，一是能直接抑制幽门螺旋杆菌，二是能提高远期疗效减少复发，三是削弱幽门螺旋杆菌毒性。应用中医中药治疗，可有效避免西药治疗带来的不良反应，例如胃肠道反应，只要调理得当，对症下药，能够达到很好的治疗效果。
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